Bezpečnost je jeden z nejdůležitějších bodů celého projektu e-tržeb a je tomu věnována maximální pozornost. Jedná se nejen o zabezpečení komunikace při zasílání dat do datového centra, ale také o samotné zabezpečení dat ve Finanční správě. Samotný projekt e-tržeb počítá s řadou bezpečnostních testů, kterou kromě pracovníků Finanční správy provedou externí bezpečnostní experti.
